La Red de Universidad Católicas de Colombia surgió de la propuesta emanada por los rectores en el Primer Encuentro Nacional realizado en la Universidad Pontificia Bolivariana en su sede central Medellín en el mes de septiembre del año 2015. Posteriormente, la RUCC se creó oficialmente el 24 de febrero de 2016, en el marco del Congreso Intemacional de Universidades Católicas, organizado por la Fundación Universitaria Juan de Casteflanos (Tunja).

Los Rectores de las Universidades Católicas designaron como coordinadora de la Red a la Universidad Santo Tomás representado en su Rector Fray Juan Ubaldo López S. Bajo el liderazgo de la Universidad Santo Tomás, se creó el equipo base de trabajo compuesto por representantes de la Conferencia Episcopal de Colombia, la Corporación Universitaria Minuto de Dios y la Fundación Universitaria Juan de Castellanos.

En el Segundo Encuentro de Rectores de Universidades Católicas, se plantearon los retos de la RUCC:

• Conjugar esfuerzos para inpactar en la sociedad mediante la propuesta de la evangelización. Sobre la visión cristiana de la persona. Igualmente, sensibilizar a la comunidad universitaria en los postulados de la Doctrina Social de la Iglesia mediante la promoción del diálogo entre fe, ciencia y cultura.
• Consolidar una identidad cristiana y carismática de las Universidades Católicas en su misión de formar profesionales idóneos, sensibles, críticos y comprometidos con su entorno.
• Constituir un sistema de trabajo en red desde las diferentes unidades académico administrativas que operan en las universidad católicas de Colombia.
• Ser propositivos ante el Ministerio de Educación Nacional de Colombia, para así dar a conocer la importancia de la formación integral y de calidad realizada en las univeridades cátolicas.

Los encuentros posteriores se han convertido en espacios de reflexión bajo diferentes temáticas que impactan a la educación superior.